SEELE，会议室。
老人们注视着月下的漆黑EVA，以及天空中飞翔的六台EVA量产机。
“EVA，Mark.06，牺牲了三台量产机和三个人造S2机关制造出来的自律性机体，祂已经取得了第十三位使者的生命果实，可谓是至今为止最接近神的造物。”
“亚当的灵魂，自己为自己取名为渚薰的第十七位使者，这种情况下，只能借他的手来完成我等之夙愿了。”
“很好，计划很顺利，剩下的三位使者也苏醒了，那就让一切在此终结，让人类回归最终的进化。”
“让初号机和Mark.06，完成我们的计划。”
NERV本部，MAGI发出了刺耳的警报声。
“图像为蓝色！是使徒！MAGI检测到使徒的反应！”
“一共有三个，三个使徒，从南面、北面临海，卫星轨道上空，分别接近了第三新东京市！”
“怎么可能！SEELE让剩余的使徒全部苏醒了吗！”
“他们疯了吗！在这种时候推进人类补完计划，万一出了什么差错，人类和莉莉丝本身都会消灭的啊！”